Quando ele era jovem, ele desapareceu de sua casa. Nada se sabe sobre como isso aconteceu. Sua mãe morreu logo após seu desaparecimento e seu pai se juntou aos franciscanos. Ele se encontrou em Toledo, Espanha, e foi acolhido por Francisco Mayoral, que o colocou para trabalhar como pastor. Ao chegar aos 20 anos, ele descobriu que Mayoral queria que ele se casasse com sua filha, então ele se juntou ao exército espanhol

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Em algum momento, ele se viu perto de Portugal, onde localizou um tio que lhe contou sobre seus pais. Percebendo que não tinha laços com Portugal, ele voltou para a Espanha

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Ele vagou por vários países e teria tido uma visão do Menino Jesus que o direcionou para Granada. Lá, ele encontrou trabalho em uma nova impressora.

Ele experimentou uma conversão religiosa na Festa de São Sebastião. Ele começou a se humilhar publicamente batendo e implorando por misericórdia por sua vida passada. Ele foi enviado para uma instituição mental e lá foi visitado por João de Ávila, que lhe disse que ele deveria cuidar de outras pessoas.

Ele reuniu seguidores que cuidavam dos pobres e dos doentes, que hoje são reconhecidos como Os Irmãos Hospitaleiros de São João de Deus.

Ele morreu de pneumonia em seu aniversário depois de pular em um rio para salvar um jovem. Seu dia de festa é comemorado em 8 de março e ele é reconhecido como uma das principais figuras religiosas da Península Ibérica. Ele é o santo padroeiro dos livreiros, hospitais, enfermeiras, doentes mentais e moribundos.