Am 21. April 1809 landete General Sir Arthur Wellesley mit 17.000 britischen Soldaten in Lissabon, und sie vereinigten sich mit den Resten der portugiesischen Armee, die von dem anglo-irischen Oberst Wiliam Carr Beresford reorganisiert worden war. Er war vom Prinzregenten, der die königliche Familie und die Regierung im November 1807 nach Brasilien evakuiert hatte, zum Oberbefehlshaber ernannt worden.Gemeinsam marschierten sie gen Norden, um die zweite Invasion Portugals durch die französischen republikanischen Armeen unter dem Kommando von General Soult abzuwehren, der Chaves und Porto eingenommen hatte und auf Verstärkung wartete, die im Begriff war, durch das Tal des Tejo nach Portugal vorzudringen. Wellesley beschloss, die Initiative zu ergreifen, indem er in Spanien einmarschierte und einen vernichtenden Sieg bei Talavera errang, woraufhin er zum Herzog von Wellington ernannt wurde.

Dies hielt die Franzosen jedoch nicht davon ab, unter der Führung von Marschall Masséna drei Divisionen mit insgesamt 65.000 gut ausgebildeten Soldaten und einer Artillerie mit vierundachtzig Kanonen aufzustellen, die einen dritten Angriff vorbereiteten und im August 1810 an der Beira-Grenze in Portugal einmarschierten.Wellington konnte etwa 50.000 Mann aufbieten, darunter Mitglieder der internationalen Loyalen Lusitanischen Legion unter dem Kommando von Oberst Robert Wilson, und bereitete eine Stellung in den Hügeln von Bussaco vor, wo die Franzosen in einen Hinterhalt gerieten und 4.500 Mann verloren. Doch der unerbittliche Masséna zog weiter, um Coimbra zu plündern und Tomar anzugreifen, während Wellingtons Armee einen taktischen Rückzug zu den befestigten Linien von Torres Vedras antrat, wo Beresford eine ausgeklügelte Verteidigungsstellung errichtet hatte. Die Franzosen gingen mit einem scheinbar erfolgreichen ersten Angriff auf die Außenmauer in die Falle, wurden jedoch überflügelt und waren gezwungen, sich nach Santarém zurückzuziehen, wo eine Brücke improvisiert wurde, um Nachschub und Verstärkung über den Alentejo zu bringen. Masséna beschloss, sich mit seinen inzwischen erschöpften und entmutigten Truppen nach Guarda zurückzuziehen. Die verbündeten Truppen folgten und lieferten sich zwei erfolgreiche Gefechte bei Sabugal und Fuentes de Oñoro, woraufhin die Franzosen die dritte Invasion aufgaben und die Besetzung Portugals endgültig beendet wurde.

Das Jahrzehnt vor 1809 war für die Portugiesen eine Zeit der Demütigung durch die Franzosen gewesen, denn Napoleon Bonaparte hatte drei Koalitionen gegnerischer europäischer Mächte durch Diplomatie, Gewalt oder Bestechung geschickt zerschlagen. Nachdem er 1796 den Vertrag von San Ildefonso durchgesetzt hatte, wurde Spanien gezwungen, England den Krieg zu erklären, dem nur noch seine gewaltige Seemacht blieb, um die Häfen des Kontinents zu blockieren und die Schifffahrt zu behindern. Da es keine Möglichkeit gab, das verbündete Portugal zu verteidigen, stimmte England der Aussetzung seiner alten Bündnisse zu und gestattete Portugal, die Neutralität auszuhandeln. Da Napoleon jedoch eine Achillesferse fürchtete, die seinen Plan, Spanien zu beherrschen, abhalten könnte, stellte er unmögliche Bedingungen: die Ausweisung aller Briten und die Konfiszierung ihrer Besitztümer, die Aufteilung Portugals in drei Untertanenprovinzen und eine enorme finanzielle und militärische Unterstützung für den französisch Republikanischen Anlass. Krieg und Invasion folgten rasch, aber unter dem Einfluss der überwältigenden britischen Siege zur See bei Kap St. Vincent (1797) und Trafalgar (1805) und aufgrund der starken öffentlichen Feindseligkeit sowohl in Spanien als auch in Portugal wurde die französische Armee mit all ihrer Beute 1808 auf dem Seeweg evakuiert und durch ein Marionettenregime ersetzt.

Die erfolgreiche britische Intervention in den Halbinselkriegen und den Unabhängigkeitskämpfen war wohl die größte und letzte Gelegenheit, bei der die anglo-portugiesischen Bündnisse durch militärische Aktionen eingehalten wurden. Die Wirtschaft lag jedoch aufgrund der französischen Plünderungen in Trümmern, und der Prinzregent, der bis 1821 in Brasilien blieb, beschloss, einen neuen Handelsvertrag mit Großbritannien zu unterzeichnen, der vorsah, dass Exporte die "Meistbegünstigung" erhalten und Importe mit 15 % statt der 24 % besteuert werden sollten, die anderen Nationen berechnet wurden. Da jedoch die Gerichte und die Handelsverwaltung in Rio de Janeiro angesiedelt waren, handelte Brasilien weiterhin direkt mit Großbritannien und den nordeuropäischen Ländern, anstatt Lissabon als Drehscheibe zu nutzen. Die daraus resultierenden Einnahmeausfälle und die Weigerung Frankreichs, angemessene Kriegsreparationen an Portugal zu zahlen, sorgten für großen Unmut, und die darauf folgende Depression ermutigte die Bevölkerung, den Liberalismus als Alternative zum Absolutismus zu betrachten.

Nach und nach wurde der Handel mit den im Indischen Ozean verstreuten Besitzungen wieder aufgenommen, doch in Zentralafrika begann der portugiesische Einfluss angesichts der Gebietsansprüche Großbritanniens, Deutschlands, Belgiens und der Niederlande zu schwinden, während Frankreich seine Kolonien weiter pflegte und 1880 Brazzaville gründete. Zwei Jahre später riefen der belgische König Leopold und die Deutschen die Internationale Afrikanische Vereinigung ins Leben, deren Ziel es war, die portugiesischen Fabriken (26 von 49) aus den Gebieten des Kongo zu verdrängen, der im Februar 1885 zu einem unabhängigen Staat wurde. Dies löste in Lissabon Bestürzung aus, da es den portugiesischen Traum von der Schaffung einer Kolonie von Küste zu Küste durch einen Korridor, der Angola mit Mosambik verbinden sollte, bedrohte. Ein Appell an Großbritannien um Unterstützung stieß auf eine laue Reaktion, da es ebenfalls Expansionsbestrebungen hatte, darunter den Bau eines Nord-Süd-Korridors mit dem Nyasa-See im Mittelpunkt.

Dieses Ringen der europäischen Mächte um die Kolonisierung Afrikas setzte sich bis zum Ende des 19. Jahrhunderts fort, wobei es zu immer heftigeren Auseinandersetzungen und Kriegsdrohungen kam. So forderte der britische Lord Salisbury 1899 Portugal auf, den Buren den Krieg zu erklären (was gegen den portugiesisch-transvaalischen Vertrag von 1875 verstieß), um die anglo-portugiesischen Bündnisse zu unterstützen. Dies wurde durch eine im Oktober 1899 unterzeichnete geheime Erklärung bestätigt, die die Blockade von Lourenço Marques beinhaltete, um die Lieferung von Waffen und Nachschub an die Deutschen und Franzosen zu verhindern.

Loyalitäten und gegenseitiges Vertrauen wurden durch diese wenig würdevollen Streitigkeiten über die Ausbeutung des dunklen Kontinents durch europäische Staaten bis zum Zerreißen gespannt, und es muss gesagt werden, dass Großbritannien in diesem Wettbewerbsklima nicht gerade ein Aushängeschild war. Portugal, das nur über geringe Ressourcen an Arbeitskräften und Waffen verfügte, konnte seine Interessen nicht verteidigen und musste den Niedergang seines Glücks hinnehmen.

In Teil 6 werden wir diese Studie abschließen, indem wir das Bündnis von 1900 bis 2021 untersuchen.