Im Jahr 1794 heiratete Elizabeth William Seton, und sie bekamen fünf Kinder. Während ihrer Reise nach Livorno, Italien, im Jahr 1803, starb William. Katholische Freunde zeigten sich ihr gegenüber so freundlich, dass sie sich für deren Glauben interessierte. Im Jahr 1805 wurde sie trotz des starken Widerstands ihrer episkopalen Freunde katholisch. Drei Jahre später eröffnete sie eine Schule in Baltimore.

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Im folgenden Jahr gründete sie in Emmitsburg, Maryland, das erste Haus der späteren Kongregation der Schwestern der Nächstenliebe vom heiligen Josef. Sie wurde zur ersten Oberin des Ordens gewählt und bekleidete dieses Amt bis zu ihrem Tod im Jahr 1821. Die Schwestern der Nächstenliebe, deren Regel sich an der der Töchter der Nächstenliebe des Heiligen Vinzenz von Paul orientierte, legten den Grundstein für das kirchliche Schulsystem in Amerika.