El 21 de abril de 1809, el general Sir Arthur Wellesley desembarcó en Lisboa con 17.000 soldados británicos, que se unieron a los restos del ejército portugués reorganizado por el coronel anglo-irlandés Wiliam Carr Beresford, que había sido designado como su comandante en jefe por el príncipe-regente, que había evacuado a la familia real y al gobierno a Brasil en noviembre de 1807.Juntos marcharon hacia el norte para rechazar la segunda invasión de Portugal por parte de los ejércitos republicanos franceses comandados por el general Soult, que había tomado Chaves y Oporto y esperaba refuerzos que estaban a punto de entrar en Portugal por el valle del Tajo. Wellesley decidió tomar la iniciativa entrando en España y obtuvo una aplastante victoria en Talavera, tras la cual fue nombrado duque de Wellington.

Sin embargo, esto no disuadió a los franceses, ahora dirigidos por el mariscal Masséna, que reunieron tres divisiones con un total de 65.000 soldados bien entrenados y una artillería de ochenta y cuatro cañones. Esta fuerza preparó un tercer ataque y entró en Portugal por la frontera de Beira en agosto de 1810.Wellington pudo reunir a unos 50.000 hombres, incluidos los miembros de la internacional Legión Leal Lusitana, comandada por el coronel Robert Wilson, y preparó una posición en las colinas de Bussaco, donde los franceses cayeron en una emboscada y perdieron 4.500 hombres.Pero el implacable Masséna siguió adelante para saquear Coimbra y atacar Tomar, mientras el ejército de Wellington realizaba una retirada táctica hacia las líneas fortificadas de Torres Vedras, donde Beresford había construido una ingeniosa posición defensiva.Los franceses entraron en la trampa con un primer asalto aparentemente exitoso en la muralla exterior, pero fueron flanqueados y obligados a retirarse a Santarém, donde se improvisó un puente para llevar suministros y refuerzos a través del Alentejo.Al no llegar ninguno de ellos, Masséna decidió retirarse con sus ya cansadas y desanimadas tropas a Guarda. Las fuerzas aliadas les persiguieron y libraron dos exitosos encuentros en Sabugal y Fuentes de Oñoro tras los cuales los franceses abandonaron la tercera invasión y la ocupación de Portugal llegó finalmente a su fin.

La década anterior a 1809 había sido de humillación para los portugueses a manos de los franceses. Napoleón Bonaparte había desmembrado astutamente tres coaliciones de potencias europeas opuestas mediante la diplomacia, la fuerza o el soborno. Tras conseguir el Tratado de San Ildefonso en 1796, hizo que España declarara la guerra a Inglaterra, a la que sólo le quedaba su enorme poderío marítimo para bloquear los puertos continentales y hostigar a la navegación. Como no había forma de defender a Portugal aliado, Inglaterra consintió en la suspensión de sus antiguas alianzas y permitió a Portugal negociar la neutralidad.Sin embargo, Napoleón, receloso de un Talón de Aquiles que pudiera frustrar su plan de dominar España, impuso condiciones imposibles que incluían la expulsión de todos los británicos y la confiscación de sus posesiones, la partición de Portugal en tres provincias sometidas y una enorme contribución de dinero y ayuda militar a la causa republicana francesa.La guerra y la invasión no tardaron en llegar, pero , influenciados por las resonantes victorias navales británicas en el Cabo de San Vicente (1797) y Trafalgar (1805) y debido a la fuerza de la hostilidad pública tanto en España como en Portugal, el ejército francés con todo su botín fue evacuado por mar en 1808 y sustituido por un régimen títere.

La exitosa intervención británica en las Guerras Peninsulares y en las campañas por la independencia fue posiblemente la mayor y última ocasión en que las alianzas anglo-portuguesas fueron observadas por la acción militar.Sin embargo, la economía estaba destrozada por el expolio francés y el príncipe-regente , que permaneció en Brasil hasta 1821, decidió firmar un nuevo tratado comercial con Gran Bretaña por el que las exportaciones recibirían el "trato de nación más favorecida" y las importaciones serían gravadas con un 15% en lugar del 24% que se cobraba a otras naciones.Pero, como los tribunales de justicia y la administración comercial estaban centrados en Río de Janeiro, Brasil siguió comerciando directamente con Gran Bretaña y los países del norte de Europa, en lugar de utilizar Lisboa como centro de operaciones. La consiguiente reducción de los ingresos y la negativa de Francia a pagar las reparaciones de guerra adecuadas a Portugal causaron mucho agravio y la subsiguiente depresión animó al pueblo a considerar el liberalismo como una alternativa al absolutismo.

Poco a poco se restableció el comercio con las posesiones repartidas por el océano Índico, pero en África central la influencia portuguesa empezó a decaer ante las reivindicaciones territoriales de Gran Bretaña, Alemania, Bélgica y Holanda, mientras Francia seguía alimentando sus colonias y estableció Brazzaville en 1880.Dos años más tarde, el rey Leopoldo de Bélgica y los alemanes lanzaron la Asociación Africana Internacional, cuyo objetivo era desplazar a las fábricas portuguesas (26 de 49) de los territorios del Congo, que en febrero de 1885 se convirtió en un Estado independiente.Esto causó consternación en Lisboa porque amenazaba el sueño portugués de crear una colonia de costa a costa mediante un corredor que uniera Angola con Mozambique. La petición de apoyo a Gran Bretaña tuvo una respuesta tibia porque también tenía aspiraciones expansionistas que incluían la construcción de un corredor de norte a sur centrado en el lago Nyasa.

Esta pugna entre las potencias europeas por la colonización de África continuó hasta finalesdel siglo XIX, con discusiones cada vez más agrias y amenazas de guerra. En 1899, por ejemplo, Lord Salisbury, de Gran Bretaña, pidió a Portugal que declarara la guerra a los bóers (incumpliendo el Tratado Luso-Transvaal de 1875) para apoyar las alianzas anglo-portuguesas. Esto fue ratificado por una declaración secreta firmada en octubre de 1899 que incluía el bloqueo de Lourenço Marques para impedir el envío de armas y suministros a los alemanes y franceses.

Las lealtades y la confianza mutua se tensaron hasta el punto de ruptura por estas disputas poco dignas relativas a la explotación por parte de los estados europeos del continente negro y hay que decir que Gran Bretaña no presentaba un faro de virtudes en este clima competitivo. Portugal, con pocos recursos de mano de obra y armas, se vio impotente para proteger sus intereses y tuvo que aceptar el eclipse de sus fortunas.

En la sexta parte completaremos este estudio examinando la Alianza desde 1900 hasta 2021