Il 21 aprile 1809 il generale Sir Arthur Wellesley sbarcò a Lisbona con 17.000 soldati britannici, che si unirono ai resti dell'esercito portoghese riorganizzato dal colonnello anglo-irlandese Wiliam Carr Beresford, nominato loro comandante in capo dal principe reggente che aveva evacuato la famiglia reale e il governo in Brasile nel novembre 1807.Insieme marciarono verso nord per respingere la seconda invasione del Portogallo da parte delle armate repubblicane francesi comandate dal generale Soult che aveva preso Chaves e Porto ed era in attesa di rinforzi che stavano per entrare in Portogallo attraverso la valle del Tago. Wellesley decise di prendere l'iniziativa entrando in Spagna e ottenne una schiacciante vittoria a Talavera dopo la quale fu nominato Duca di Wellington.

Tuttavia questo non dissuase i francesi, ora guidati dal maresciallo Masséna, che mise insieme tre divisioni per un totale di 65.000 soldati ben addestrati e un'artiglieria di ottantaquattro cannoni. Questa forza preparò un terzo assalto ed entrò in Portogallo alla frontiera di Beira nell'agosto 1810.Wellington fu in grado di radunare circa 50.000 uomini tra cui i membri della Legione Internazionale Leale Lusitana comandata dal colonnello Robert Wilson e preparò una posizione sulle colline di Bussaco dove i francesi subirono un'imboscata e persero 4.500 uomini.Ma l'implacabile Masséna proseguì per saccheggiare Coimbra e attaccare Tomar mentre l'esercito di Wellington fece una ritirata tattica verso le linee fortificate di Torres Vedras dove era stata costruita da Beresford un'ingegnosa posizione difensiva.I francesi entrarono nella trappola con un primo assalto apparentemente riuscito al muro esterno, ma furono aggirati e costretti a ritirarsi a Santarém dove fu improvvisato un ponte per portare rifornimenti e rinforzi attraverso l'Alentejo.Poiché nessuno dei due arrivò, Masséna decise di ritirarsi con le sue truppe, ormai stanche e scoraggiate, a Guarda. Le forze alleate lo inseguirono e combatterono due incontri di successo a Sabugal e Fuentes de Oñoro, dopo i quali i francesi abbandonarono la terza invasione e l'occupazione del Portogallo fu finalmente portata a termine.

Il decennio precedente al 1809 era stato un periodo di umiliazioni per i portoghesi per mano dei francesi. Napoleone Bonaparte aveva astutamente smembrato tre coalizioni di potenze europee opposte con la diplomazia, la forza o la corruzione. Dopo aver ottenuto il Trattato di San Ildefonso nel 1796, la Spagna fu costretta a dichiarare guerra all'Inghilterra, alla quale rimase solo la sua enorme potenza marittima per bloccare i porti continentali e molestare la navigazione. Poiché non c'era modo di difendere il Portogallo alleato, l'Inghilterra acconsentì alla sospensione delle sue antiche alleanze e permise al Portogallo di negoziare la neutralità.Tuttavia, Napoleone, diffidando di un tallone d'Achille che avrebbe potuto ostacolare il suo piano per dominare la Spagna, impose condizioni impossibili che includevano l'espulsione di tutti gli inglesi e la confisca dei loro beni, la divisione del Portogallo in tre province soggette e un enorme contributo di denaro e aiuti militari alla causa repubblicana francese.La guerra e l'invasione seguirono rapidamente ma, influenzati dalle clamorose vittorie navali britanniche a Capo St. Vincent (1797) e Trafalgar (1805) e a causa della forza dell'ostilità pubblica sia in Spagna che in Portogallo, l'esercito francese con tutto il suo bottino fu evacuato via mare nel 1808 e sostituito da un regime fantoccio.

Il riuscito intervento britannico nelle guerre peninsulari e nelle campagne per l'indipendenza fu probabilmente la più grande e ultima occasione in cui le alleanze anglo-portoghesi furono osservate dall'azione militare.Tuttavia, l'economia era a pezzi a causa della spoliazione francese e il principe reggente, che rimase in Brasile fino al 1821, decise di firmare un nuovo trattato commerciale con la Gran Bretagna in base al quale le esportazioni avrebbero ricevuto il "trattamento della nazione più favorita" e le importazioni sarebbero state tassate al 15% invece del 24% applicato alle altre nazioni.Ma, dato che le corti di giustizia e l'amministrazione commerciale erano centrate a Rio de Janeiro, il Brasile continuò a commerciare direttamente con la Gran Bretagna e i paesi del Nord Europa invece di usare Lisbona come centro. La conseguente riduzione delle entrate e il rifiuto della Francia di pagare adeguate riparazioni di guerra al Portogallo causarono molto dolore e la conseguente depressione incoraggiò il popolo a considerare il liberalismo come alternativa all'assolutismo.

Gradualmente il commercio con i possedimenti sparsi nell'Oceano Indiano fu ripristinato, ma nell'Africa centrale l'influenza portoghese cominciò a scemare di fronte alle rivendicazioni territoriali di Gran Bretagna, Germania, Belgio e Olanda, mentre la Francia nutriva ancora le sue colonie e fondò Brazzaville nel 1880.Due anni dopo il re Leopoldo del Belgio e i tedeschi lanciarono l'Associazione Africana Internazionale che mirava a cacciare i portoghesi (26 su 49) dai territori del Congo che, nel febbraio 1885, divenne uno stato indipendente.Questo causò costernazione a Lisbona perché minacciava il sogno portoghese di creare una colonia da costa a costa attraverso un corridoio per collegare l'Angola con il Mozambico. Un appello alla Gran Bretagna per il sostegno incontrò una risposta tiepida perché anch'essa aveva aspirazioni espansionistiche tra cui la costruzione di un corridoio da nord a sud incentrato sul lago Nyasa.

Questa lotta tra le potenze europee per la colonizzazione dell'Africa continuò fino alla fine delXIX secolo con discussioni sempre più aspre e minacce di guerra. Nel 1899, per esempio, il britannico Lord Salisbury chiese al Portogallo di dichiarare guerra ai boeri (in violazione del trattato Portoghese-Transvaal del 1875) per sostenere le alleanze anglo-portoghesi. Questo fu ratificato da una dichiarazione segreta firmata nell'ottobre 1899 che includeva il blocco di Lourenço Marques per impedire la spedizione di armi e rifornimenti ai tedeschi e ai francesi.

Lealtà e fiducia reciproca furono messe a dura prova da questi battibecchi poco dignitosi riguardanti lo sfruttamento del continente nero da parte degli stati europei e bisogna dire che la Gran Bretagna non presentava un faro di virtù in questo clima competitivo. Il Portogallo, avendo poche risorse di uomini e di armi, era impotente a proteggere i suoi interessi e dovette accettare l'eclissi delle sue fortune.

Nella Parte 6 completeremo questo studio esaminando l'Alleanza dal 1900 al 2021