Sagres, Lagos, Portimão och Faro sägs vara de områden som är värst drabbade.
I nuvarande takt skulle Portimão och Vila do Bispo kunna flytta upp till högriskområden när listan uppdateras senare i veckan.
Förändringen av status kommer att leda till större restriktioner för rörlighet och tidiga stängningar av butiker, barer och restauranger.
Se uppdaterad information om begränsningar i varje kommun här