Tjänsten kommer att trafikeras upp till sju gånger i veckan från juni till slutet av oktober.
Ellie McGimpsey, Aviation Development Manager på Belfast City Airport, säger: "Vi är mycket glada över att förbindelsen mellan Faro och Belfast återigen har återupprättats.
"Vi vet att det kommer att finnas en stor efterfrågan från människor från Nordirland som vill planera en semesterresa i sommar i linje med regeringens resehandledning. Men den här tjänsten är verkligen en stor möjlighet för människor som bor i Algarve och har förbindelser i Nordirland och som kanske vill resa hem för att träffa sin familj.
"Till följd av pandemin har utlandsboende ex-pats som bor utomlands varit separerade från familj och vänner i hemlandet i över ett år nu, så vi hoppas att denna tjänst kommer att underlätta några mycket speciella återföreningar i sommar."