Portugal har vunnit två matcher sedan den senaste uppdateringen, i september, en vänskapsmatch mot Qatar (3-0) och en kvalmatch till VM 2022 mot Luxemburg (5-0), men Spanien har presterat bättre, vilket gör att de klättrar i rankingen.
Spanjorerna har också spelat två matcher, med en seger i semifinalen i League of Nations, mot Italien (2-1), och ett nederlag i finalen mot Frankrike (2-1), men har samlat på sig fler poäng.
I FIFA:s "topp 10", som fortfarande leds av Belgien, följt av Brasilien, utnyttjade Frankrike triumfen i League of Nations för att klättra upp på podiet och ligger nu på tredje plats.
En uppgång som resulterade i att England föll till femte plats, medan Italien, som rankades som trea i League of Nations, steg till fjärde plats.
Bland de lag som leds av portugisiska tränare är Polen, med Paulo Sousa, bäst rankat, med en uppgång på en plats, till 23:e plats, även om Sydkorea, med Paulo Bento, och Egypten, med Carlos Queiroz, också har stigit, till 35:e respektive 44:e plats.
FIFA:s ranking kommer att uppdateras igen den 25 november.