Den 21 april 1809 landade general Sir Arthur Wellesley i Lissabon med 17 000 brittiska soldater. Dessa slogs samman med rester av den portugisiska armén som hade omorganiserats av den anglo-irländske översten Wiliam Carr Beresford. Han hade utsetts till överbefälhavare av den prins-regent som hade evakuerat den kungliga familjen och regeringen till Brasilien i november 1807.Tillsammans marscherade de norrut för att slå tillbaka den andra invasionen av Portugal av franska republikanska arméer under ledning av general Soult, som hade intagit Chaves och Porto och väntade på förstärkningar som var på väg att gå in i Portugal genom Tagusdalen. Wellesley beslutade att ta initiativet genom att gå in i Spanien och vann en förkrossande seger vid Talavera, varefter han utnämndes till hertig av Wellington.

Detta avskräckte dock inte fransmännen som nu leddes av marskalk Masséna som samlade tre divisioner med sammanlagt 65 000 välutbildade soldater och ett artilleri med 84 kanoner. Denna styrka förberedde ett tredje angrepp och gick in i Portugal vid Beira-gränsen i augusti 1810.Wellington kunde samla omkring 50 000 män, inklusive medlemmar av den internationella lojala lusitanska legionen under befäl av överste Robert Wilson, och förberedde en position i kullarna vid Bussaco där fransmännen hamnade i ett bakhåll och förlorade 4 500 man.Men den obeveklige Masséna fortsatte att plundra Coimbra och anfalla Tomar medan Wellingtons armé gjorde en taktisk reträtt till de befästa linjerna vid Torres Vedras där Beresford hade konstruerat en genial försvarsposition.Fransmännen gick in i fällan med ett till synes lyckat första angrepp på yttermuren, men de blev överkörda och tvingades retirera till Santarém där man improviserade en bro för att föra förnödenheter och förstärkningar över Alentejo.Eftersom ingen av dem anlände beslutade Masséna att dra sig tillbaka med sina nu trötta och modfällda trupper till Guarda. De allierade styrkorna följde efter och utkämpade två framgångsrika möten vid Sabugal och Fuentes de Oñoro varefter fransmännen gav upp den tredje invasionen och ockupationen av Portugal fick äntligen ett slut.

Tioårsperioden före 1809 hade varit en tid av förödmjukelse för portugiserna i fransmännens händer. Napoleon Bonaparte hade på ett listigt sätt splittrat tre koalitioner av motstridiga europeiska makter genom diplomati, våld eller mutor. Efter att ha fått till stånd fördraget i San Ildefonso 1796 tvingades Spanien att förklara krig mot England, som bara hade kvar sin enorma sjömakt för att blockera kontinentens hamnar och trakassera sjöfarten. Eftersom det inte fanns något sätt att försvara det allierade Portugal gick England med på att upphäva sina gamla allianser och lät Portugal förhandla om neutralitet.Napoleon, som var försiktig med en Akilleshäl som skulle kunna motverka hans plan att dominera Spanien, införde dock omöjliga villkor som omfattade utvisning av alla britter och konfiskering av deras ägodelar, delning av Portugal i tre underordnade provinser och ett enormt bidrag i form av pengar och militärt stöd till den franska republikanska saken.Krig och invasion följde snabbt, men på grund av de genomslagskraftiga brittiska sjövinsterna vid Cape St Vincent (1797) och Trafalgar (1805) och på grund av den starka allmänna fientligheten i både Spanien och Portugal evakuerades den franska armén med alla sina byten till sjöss 1808 och ersattes av en marionettregim.

Det framgångsrika brittiska ingripandet i Peninsulakriget och självständighetskampanjerna var utan tvekan det största och sista tillfället då de anglo-portugisiska allianserna respekterades genom militära aktioner.Ekonomin var dock i spillror på grund av den franska plundringen och prinsregenten, som stannade kvar i Brasilien till 1821, beslutade att underteckna ett nytt handelsavtal med Storbritannien där export skulle få "mest gynnad nationsbehandling" och import skulle beskattas med 15 % i stället för 24 % som andra nationer.Men eftersom domstolarna och handelsförvaltningen var centrerade i Rio de Janeiro fortsatte Brasilien att handla direkt med Storbritannien och de nordeuropeiska länderna i stället för att använda Lissabon som knutpunkt. De minskade intäkterna som följde och Frankrikes vägran att betala ut tillräckliga krigsskadestånd till Portugal orsakade mycket missnöje, och den efterföljande depressionen uppmuntrade folket att överväga liberalism som ett alternativ till absolutismen.

Efterhand återupprättades handeln med de besittningar som fanns utspridda runt Indiska oceanen, men i Centralafrika började det portugisiska inflytandet att avta i och med de territoriella anspråk som Storbritannien, Tyskland, Belgien och Holland gjorde, medan Frankrike fortfarande vårdade sina kolonier och etablerade Brazzaville 1880.Två år senare startade Belgiens kung Leopold och tyskarna den internationella afrikanska föreningen som syftade till att fördriva de portugisiska fabrikerna (26 av 49) från Kongos territorier, som i februari 1885 blev en självständig stat.Detta väckte bestörtning i Lissabon eftersom det hotade den portugisiska drömmen om att skapa en koloni från kust till kust genom en korridor som skulle förbinda Angola med Moçambique. En vädjan till Storbritannien om stöd fick ett ljummet svar eftersom landet också hade expansiva ambitioner, bland annat att bygga en nord-sydlig korridor med Nyasasasjön som mittpunkt.

De europeiska makternas jockeying om koloniseringen av Afrika fortsatte fram till slutet av1800-talet med allt bistrare diskussioner och hot om krig. År 1899 uppmanade till exempel Storbritanniens Lord Salisbury Portugal att förklara krig mot boerna (i strid med fördraget mellan Portugal och Transvaal från 1875) för att stödja de anglo-portugisiska allianserna. Detta bekräftades genom en hemlig deklaration som undertecknades i oktober 1899 och som omfattade en blockad av Lourenço Marques för att förhindra att vapen och förnödenheter skickades till tyskarna och fransmännen.

Lojaliteten och det ömsesidiga förtroendet ansträngdes till bristningsgränsen av dessa mindre värdiga gräl om de europeiska staternas exploatering av den mörka kontinenten, och det måste sägas att Storbritannien inte var någon ljusglimt av dygd i detta konkurrensutsatta klimat. Portugal, som hade få resurser i form av arbetskraft och vapen, var maktlöst när det gällde att skydda sina intressen och var tvunget att acceptera att dess förmögenhet minskade.

I del 6 kommer vi att slutföra denna studie genom att undersöka alliansen från 1900 till 2021.