5 月 8 日，瑞安航空公司（Ryanair）再次呼吁葡萄牙政府在 9 月之前暂停实施旨在控制申根地区以外乘客的出入境系统（EES），以避免国家机场在夏季旺季出现紧张状况。

面对卢萨社的质询，葡萄牙内政部表示，葡萄牙 "继续承诺'根据欧盟法律确保'出入境系统的运行，预计该系统不会暂停"。

尽管如此，内政部指出，"适用的欧洲框架允许在特殊和适当限制的情况下采取业务措施，如在某些过境点，当交通强度可能导致等待时间过长时，暂停生物识别数据收集（面部图像和指纹）"。

监管机构解释说，这种业务管理由PSP负责，"在临时暂停期间，边境管制将遵守所有规定的安全协议，一旦达到参考参数，生物识别数据采集将立即恢复"。

等待时间过长

5 月 17 日上午，边检记录显示波尔图机场的等候时间超过两小时，里斯本和法鲁机场超过一个半小时，PSP 将此解释为与申根地区以外的高客流相关的技术和 IT 问题。

5 月 16 日，由于 "技术/计算机方面的困难"，里斯本机场离境管制区也出现了一个多小时的延误。

4 月 11 日和 12 日，里斯本、波尔图和法鲁机场的离境生物识别系统已经暂停，原因是旅客等待登机的时间比预期的要长。

2025 年 10 月 12 日，EES（安全电子系统）在葡萄牙和申根地区其他国家逐步投入使用，该系统通过对非欧盟旅客的照片和指纹进行数字登记来取代护照印章，自此之后，候机时间延长，尤其是在里斯本机场。

2025 年 12 月底，政府宣布在里斯本的 Humberto Delgado 机场采取应急措施，以减少到达区的等候时间，即暂停 EES 三个月，此后恢复运行。