Selon le dernier rapport de situation sur la diversité génétique du SRAS-CoV-2 au Portugal, publié par l'INSA, la variante Delta, initialement associée à l'Inde, a connu une "augmentation spectaculaire" de sa fréquence relative au niveau national, mais sa distribution "est encore très hétérogène entre les régions".

Selon l'INSA, la distribution du variant delta varie entre 3,2 % (Açores) et 94,5 % (Alentejo), mais compte tenu de la tendance observée entre mai et juin, " il est prévu que ce variant devienne dominant sur l'ensemble du territoire national au cours des prochaines semaines ".

Sur le nombre total de séquences du variant Delta analysées à ce jour, 46 présentent la mutation supplémentaire K417N dans la protéine Spike, indique l'institut.

Toutefois, souligne-t-il, environ 50 % de ces cas se limitent à deux chaînes de transmission locales, ce qui suggère que leur circulation communautaire est encore limitée, la fréquence relative de ce profil (Delta+K417N) dans l'échantillon national étant de 2,3 % en juin.

Selon le rapport, parmi les nouvelles séquences analysées, le variant Alpha (B.1.1.7), initialement associé au Royaume-Uni, a été détecté par séquençage avec une fréquence relative de 40,2 pour cent dans l'échantillon national de juin, montrant une forte réduction de la fréquentation au niveau national (88,4 pour cent en mai).

Toutefois, explique l'INSA, "ce variant reste le plus répandu dans la région Nord (62,7 pour cent) et dans les régions autonomes des Açores (96,8 pour cent) et de Madère (69,8 pour cent)".

Le rapport de l'Institut Ricardo Jorge indique également que la fréquence relative des variantes Beta (B.1.351) et Gamma (P.1) reste faible, sans tendance à la hausse dans les derniers échantillonnages.

"En particulier, il convient de noter que le variant Beta a été détecté à une fréquence de 0,1 pour cent et dans deux régions seulement (Lisbonne et Vale do Tejo et Região Autónoma da Madeira)", précise-t-il.

Selon le document, à ce jour, 9 846 séquences du génome du nouveau coronavirus ont été analysées, obtenues à partir d'échantillons collectés dans plus de 100 laboratoires, hôpitaux et institutions, représentant 284 municipalités du Portugal.

Dans le cadre de la surveillance génomique que l'INSA coordonne, 1 087 séquences ont été obtenues à partir de l'échantillonnage national de juin 2021, qui a eu lieu du 2 au 15 juin. Cet échantillonnage a impliqué des laboratoires répartis dans les 18 districts du Portugal continental et des régions autonomes des Açores et de Madère, couvrant un total de 131 municipalités.