Au XVIIè siècle, l'acte de rapprochement le plus important entre le Portugal et l'Angleterre a été le mariage en 1642 de Catherine de Bragance, fille du roi João IV et de la reine Luisa, avec le roi Charles II. Elle a reçu une dot d'une proportion magnifique, non seulement pour son contenu monétaire (la première guinée a été frappée par la Monnaie royale à partir d'or portugais), mais aussi parce qu'elle a cédé les forteresses de Tanger et de Bombay à l'Angleterre et fourni un libre accès commercial à de nombreuses autres possessions portugaises, où les familles marchandes anglaises ont bénéficié du même statut résidentiel que les ressortissants portugais. En contrepartie, quatre régiments - deux de cavalerie et deux d'infanterie - sont stationnés au Portugal et une escadre de dix navires de guerre est déployée pour protéger les routes maritimes commerciales. Ces troupes renforcent les forces portugaises et remportent une série d'escarmouches et de batailles frontalières contre les Espagnols, la première étant celle d'Ameixial en juin 1663, suivie de la reprise d'Evora. En juillet 1664, une partie de la province espagnole de Salamanque tombe aux mains des Portugais et un an plus tard, une importante force espagnole est mise en déroute à la bataille de Montes Claros.

La restauration des monarchies anglaise et portugaise s'était déroulée avec prudence dans les deux pays, l'accent étant mis sur l'expansion du commerce mondial et de la colonisation, financée en grande partie au Portugal par les nouveaux chrétiens qui, avec les protestants, étaient désormais libérés des persécutions de l'Inquisition espagnole. Mais cet état d'esprit change avec le traité de paix entre le Portugal et l'Espagne, qui est finalement conclu à Lisbonne le 13 février 1668, lorsque la souveraineté de la maison régnante de Bragance est concédée par la dynastie espagnole des Habsbourg, en perte de vitesse. Le futur roi Pedro II du Portugal (1668-1706) a signé en tant que prince-régent pour son frère incapable, le roi Afonso VI (1656-68) ; la reine Mariana d'Autriche a signé en tant que régente pour son jeune fils, le roi Carlos II, et Edward Montagu, en tant qu'ambassadeur de Charles II, a servi de médiateur.

Pour l'Espagne, le traité de 1668 apporte un soulagement bienvenu par rapport aux dépenses épuisantes de la guerre et la possibilité d'acquérir une plus grande influence par le biais du commerce. Pour le Portugal, il existe désormais des possibilités d'acquérir les compétences et les idées politiques qui se sont développées en France, en Angleterre et en Hollande et d'utiliser l'élan d'un flux croissant de richesses en provenance du Brésil.

Bien que régent nominalement, Pedro devient effectivement monarque (1) en internant son frère Afonso, mentalement instable, d'abord dans la maison du gouverneur des Açores, puis dans une suite de chambres du palais de Sintra (2) en réprimant les tentatives d'insurrection de bandes de jeunes nobles brutaux et (3) en épousant la reine Maria-Francisca après qu'elle ait obtenu de Rome l'annulation papale de son union infructueuse avec Afonso. Il a hérité de l'intelligence de sa mère, la reine Luisa, et son règne de 38 ans a été marqué par une diplomatie prudente qui a évité la confrontation avec les ambitions hargneuses des puissances d'Europe centrale, mais, en 1701, il a conclu un traité avec Louis XIV de France qui a augmenté la possession de terres portugaises au Brésil et en Guinée et a promis l'annexion des villes de Badajoz et d'Alcantara en échange du soutien de la revendication des Bourbons à la succession espagnole. En raison du soutien anglais (et néerlandais) aux prétentions des Habsbourg autrichiens, le traité était incompatible avec les précédentes alliances signées avec l'Angleterre et la position du Portugal devint intenable lorsque les trois alliés déclarèrent la guerre à la France en mai 1702.

Les diplomates père et fils, John et Paul Methuen, négocient avec Pedro II une alliance défensive en mai 1703, en vertu de laquelle l'Angleterre maintient sa garantie de soutien militaire contre l'Espagne et les alliés utilisent le Portugal comme base pour leurs armées totalisant 40 000 cavaliers et fantassins dirigés par l'archiduc Charles d'Autriche et soutenus par la milice frontalière portugaise. La campagne qui suit est âprement disputée, mais au printemps 1706, les alliés entrent dans Madrid pour se retirer à l'approche de l'hiver, lorsque les défenseurs français et espagnols reviennent. Au même moment, Pedro II meurt et João V, âgé de dix-sept ans, lui succède. Il a reçu une bonne éducation et se marie rapidement avec la princesse Ana Maria d'Autriche.

João V régna jusqu'en 1750 et devint de plus en plus puissant et riche au fil des ans. Il aurait dit : "Mon grand-père devait et craignait ; mon père devait ; je ne crains ni ne dois". La production d'or dans le Minas Gerais, au Brésil, a connu une croissance exponentielle dont, en théorie, un cinquième était destiné aux caisses de l'État portugais. Lorsque des diamants ont été découverts en 1728, l'abondant potentiel d'un royaume prospère semblait assuré. Les difficultés financières engendrées par la guerre avaient pris fin avec l'accord de paix signé entre la Grande Alliance et la France en 1712.Les arriérés de solde militaire ont été résorbés, les bâtiments de l'État ont été libérés de leur hypothèque et rénovés, les universités et les institutions ont acquis de nouvelles et grandes bibliothèques et la plupart des habitants de la nation ont commencé à se sentir prospères. Un consensus général se dégage pour éviter la guerre, même contre l'Islam, et João V réussit à se tenir à l'écart des rivalités nationales européennes et à restaurer la confiance du pape dans l'establishment catholique portugais en nommant des cardinaux et des prêtres à des postes d'État civils.

João V meurt en 1750. Lui succèdent l'inefficace José Ier et, en 1777, l'instable Maria Ier, qui abdique en 1799.Mais la figure dominante de cette dernière période est Sebastião José de Carvalho qui, ayant gagné la confiance royale, devient d'abord ministre des affaires étrangères, puis ministre d'État avec les titres de comte d'Oeiras et de marquis de Pombal. On a beaucoup écrit sur son contrôle puissant et parfois impitoyable de la politique portugaise et sur son programme de reconstruction qui a suivi le tremblement de terre de Lisbonne à la Toussaint 1755, au cours duquel l'Angleterre a envoyé des secours d'une valeur de 100 000 £.Mais ce qui intéresse l'Alliance, c'est que Pombal s'est ensuite lancé dans une politique de participation de l'État au commerce extérieur en créant une série de sociétés dont il était le directeur général. Cela impliquait l'imposition de droits de douane pour éradiquer la contrebande, de taxes pour protéger les industries textiles et minières portugaises et un contrôle plus strict des terres qui pouvaient être achetées par des étrangers - en particulier les marchands anglais dont les familles étaient résidentes depuis des siècles. La sévérité de son capitalisme et de son absolutisme était telle qu'on le surnommait la version portugaise du roi soleil de France, Louis XIV !

Dans la cinquième partie, nous examinerons l'histoire des alliances anglo-portugaises de 1800 aux temps modernes.