"Depuis le 6 décembre, on observe une forte croissance de la proportion de cas probables de la variante Omicron, atteignant une proportion estimée à 93,2% le 10 janvier", indique le rapport de l'Institut national de la santé Doutor Ricardo Jorge (INSA) sur la diversité génétique du SRAS-CoV-2.

Le 3 janvier, Omicron avait déjà atteint une fréquence de 89,6% des cas d'infections enregistrés dans le pays.

Selon l'institut qui suit l'évolution de ce coronavirus au Portugal, la "brusque augmentation de la circulation communautaire" d'Omicron est parallèle au scénario observé dans des pays comme le Royaume-Uni et le Danemark.

Selon l'INSA, ce variant a été détecté pour la première fois au Portugal dans la semaine du 22 au 28 novembre, après avoir enregistré une "croissance galopante de la circulation au cours du mois de décembre".

"Les données de séquençage montrent encore une hétérogénéité considérable en termes régionaux", indiquant que le nombre et le moment des introductions, ainsi que le début d'une circulation communautaire plus large, se sont produits différemment dans les diverses régions du pays.

"En fait, la circulation communautaire du variant Omicron s'est produite plus tôt et plus intensément dans la région de Lisbonne et de la vallée du Tage, où elle est devenue dominante environ une à deux semaines plus tôt que dans les autres régions", ajoute le rapport.

En ce qui concerne Delta, la variante qui a été prédominante au Portugal pendant plusieurs mois, "sa fréquence relative a diminué depuis la semaine du 22 au 28 novembre en raison de la brusque augmentation de la circulation de la variante Omicron".

" Parmi les différentes sous-lignées de la variante Delta encore en circulation, se distingue la lignée AY.4.2 qui, dans la semaine du 27 décembre 2021 au 2 janvier 2022, avait encore une circulation considérable en Algarve ", précise l'INSA.

Dans le cadre de la surveillance continue de la diversité génétique du SRAS-CoV-2, une moyenne de 527 séquences par semaine a été analysée depuis le début du mois de juin 2021.

Ces séquences ont été obtenues à partir d'échantillons collectés de manière aléatoire dans des laboratoires répartis dans les 18 districts du Portugal continental et des régions autonomes des Açores et de Madère, couvrant une moyenne de 132 municipalités par semaine.