Toen hij een jonge jongen was, verdween hij uit zijn huis. Er is niets bekend over hoe dit is gebeurd. Zijn moeder stierf kort na zijn verdwijning en zijn vader sloot zich aan bij de Franciscanen. Hij kwam terecht in Toledo, Spanje en werd opgenomen door Francisco Mayoral, die hem aan het werk zette als herder. Toen hij 20 werd, ontdekte hij dat Mayoral wilde dat hij met zijn dochter zou trouwen en dus ging hij bij het Spaanse leger.

Op een gegeven moment kwam hij in de buurt van Portugal terecht, waar hij een oom opspoorde die hem over zijn ouders vertelde. Toen hij zich realiseerde dat hij geen banden had met Portugal, ging hij terug naar Spanje.

Hij zwierf door verschillende landen en had naar verluidt een visioen van het Kind Jezus dat hem naar Granada leidde. Daar vond hij werk aan een nieuwe drukpers.

Op het feest van Sint Sebastiaan beleefde hij een religieuze bekering. Hij begon zichzelf publiekelijk te vernederen door te slaan en om genade te smeken voor zijn vorige leven. Hij werd naar een psychiatrische inrichting gestuurd en kreeg daar bezoek van Johannes van Avila die hem vertelde dat hij voor anderen moest zorgen.

Hij verzamelde een volgelingen die zorgden voor de armen en zieken, die vandaag de dag bekend staan als de Broeders Hospitaalridders van Sint Jan van God.

Hij stierf aan longontsteking op zijn verjaardag nadat hij in een rivier was gesprongen om een jongeman te redden. Zijn feestdag wordt gevierd op 8 maart en hij wordt erkend als een van de belangrijkste religieuze figuren op het Iberisch schiereiland. Hij is de beschermheilige van boekverkopers, ziekenhuizen, verpleegkundigen, geesteszieken en stervenden.