在葡萄牙的疫苗接种过程开始时，出现了接种不当的情况，这导致IGAS研究所于2021年1月28日对该计划第一阶段的执行情况进行了检查，以核实适用于接种Covid-19疫苗的规则和指导方针的遵守情况。

当时，IGAS表示，在这个阶段，检查将涵盖五个地区的卫生管理部门、医院、医院中心和国家卫生局的地方卫生单位，以及构成国家卫生局中央服务的一些实体。

检查基于三个方面：在优先群体中选择接种者的标准、管理多余剂量的程序和防止浪费的措施。

检查结果现已在IGAS "通讯 "中公布，并表明总共对来自公共、私营和社会部门的272个实体和卫生单位进行了调查，并编写了10份每周（临时）报告和一份总体报告。

在这次检查之后，启动了8个澄清程序、41个调查程序和6个检查程序。

卫生活动总检查建立了8个检查程序，以核实预防Covid-19疫苗接种中心的冷链条件。

该组织说，在这八个过程中，共提出了53项建议。

IGAS强调了两项建议，其中一项建议旨在确保 "对疫苗接种中心的冷设备内部温度的连续监测进行日常核查，通过建立参数，保证对发现的事件立即进行分析，并向负责疫苗冷链的制药部门报告，从而能够及时系统地记录和识别偏差"。

另一项建议旨在 "确保疫苗接种中心的'数据记录器'[数据记录]为识别温度偏差所规定的最高和最低限度符合卫生总局的规则和内部程序所规定的限度（2ºC至8ºC之间）"。

IGAS指出，通过这一行动，"它确保了疫苗接种过程，在第一阶段（人们按优先群体接种疫苗）以透明的方式进行，此前有一些迹象表明，不适当的行为使公民对卫生当局缺乏信任"。

在对疫苗冷链条件的检查中，IGAS试图确保 "公共资源的良好使用和接种者的安全"。

疫苗接种过程中的不规范行为导致疫苗接种计划的 "工作队 "协调员弗朗西斯科-拉莫斯被解雇，他的职位由海军中将古韦亚-埃梅洛取代。