Po prawie dziesięciu latach spędzonych w Kanarze powrócił do Goa i w 1686 r. wraz z grupą innych księży założył tam Oratorium św. Filipa Neri, korzystając z rad i pomocy domów oratoryjnych znajdujących się wówczas w Portugalii. Już rok później, w 1687 roku, poczuł się wezwany do opuszczenia Goa i udania się jako misjonarz na wyspę Cejlon, obecnie Sri Lanka.

Pozostał na tej wyspie przez dwadzieścia cztery lata, wykonując swoją posługę kapłańską w bardzo trudnych warunkach. Był rygorystycznie ścigany i prześladowany przez opresyjne holenderskie władze kalwińskie, które chciały położyć kres jego samotnym, ale skutecznym wysiłkom na rzecz odbudowy Kościoła i utrzymania katolicyzmu na Cejlonie. Musiał wszędzie podróżować w przebraniu i był zobowiązany do sprawowania sakramentów potajemnie w nocy.

O. Vaz zdecydował, że jego bazą będzie królestwo Kandy w głębi wyspy. Po przybyciu tam został aresztowany jako szpieg i osadzony w więzieniu. Został uwolniony po tym, jak wymodlił i uzyskał coś, co wszyscy uznali za cudowny deszcz, kończący długotrwałą suszę. Po tym wydarzeniu buddyjski król Kandy dał mu swoją osobistą ochronę.

W 1696 roku kilku ojców z Oratorium w Goa dołączyło do niego na Cejlonie i powstała tam właściwie ukonstytuowana misja. O. Vaz odmówił przyjęcia stanowiska wikariusza apostolskiego, woląc pozostać zwykłym kapłanem misyjnym. Wśród innych prac duszpasterskich przetłumaczył katechizm i modlitwy na miejscowe języki: singalski i tamilski. Ludzie nazywali go "Sammanasu Swam" - anielski kapłan.

Na początku 1711 roku wiedział już, że umiera. 16 stycznia przyjął ostatnie obrzędy z członkami swojej trzody zgromadzonymi wokół jego łóżka. Powiedział im: "Zawsze żyj zgodnie z Bożym natchnieniem". Umarł o północy. Miał sześćdziesiąt lat.

Niestety, dokładne miejsce pobytu jego szczątków jest niepewne.

Został beatyfikowany na Sri Lance przez papieża Jana Pawła II 21 czerwca 1995 roku, a kanonizował go tam papież Franciszek w środę 14 stycznia 2015 roku.

Dzień jego święta obchodzony jest 16 stycznia.