La 21 aprilie 1809 generalul Sir Arthur Wellesley a aterizat la Lisabona cu 17.000 de soldați britanici. Acestea au fost grupate cu rămășițe ale armatei portugheze care au fost reorganizate de colonelul anglo-irlandez Wiliam Carr Beresford. El a fost numit ca C-in-c al lor de către prințul-regent care a evacuat familia regală și guvernul în Brazilia în noiembrie 1807. Împreună au mărșăluit spre nord pentru a respinge cea de-a doua invazie a Portugaliei de către armatele republicane franceze comandate de generalul Soult care luase Chaves și Porto și așteptau întăriri care urmau să intre în Portugalia prin valea Tagus. Wellesley a decis să ia inițiativa intrând în Spania și a câștigat o victorie zdrobitoare la Talavera după care a fost făcut Duce de Wellington.
Cu toate acestea, acest lucru nu i-a descurajat pe francezii conduși de mareșalul Masséna, care au adunat trei divizii totalizând 65.000 de soldați bine instruiți și artilerie de optzeci și patru de tun. Această forță a pregătit un al treilea atac și a intrat în Portugalia la frontiera Beira în august 1810. Wellington a reușit să adune aproximativ 50.000 de oameni, inclusiv membri ai Legiunii Lusitaniene internaționale comandate de colonelul Robert Wilson și a pregătit o poziție pe dealurile din Bussaco, unde francezii au fost prinși în ambuscadă și au pierdut 4.500 de oameni. Dar nemulțumita Masséna a plecat să o concedieze pe Coimbra și să-l atace pe Tomar în timp ce armata lui Wellington a făcut o retragere tactică la liniile fortificate ale Torres Vedras unde o poziție defensivă ingenioasă fusese construită de Beresford. Francezii au intrat în capcană cu un prim atac aparent de succes pe peretele exterior, dar au fost depășiți și forțați să se retragă la Santarém unde un pod a fost improvizat pentru a aduce provizii și întăriri peste Alentejo. Cum nici unul nu a sosit, Masséna a decis să se retragă cu trupele sale obosite și dispiritate la Guarda. Forțele aliate au urmărit și au luptat două întâlniri de succes la Sabugal și Fuentes de Oñoro, după care francezii au abandonat a treia invazie, iar ocupația Portugaliei a fost în cele din urmă terminată.
Deceniul de dinainte de 1809 a fost unul de umilință pentru portughezi în mâinile francezilor. Napoleon Bonaparte a dezmembrat viclean trei coaliții de puteri europene opuse prin diplomație, forță sau mită. După ce a asigurat Tratatul de la San Ildefonso în 1796, Spania a fost făcută pentru a declara război Angliei, care a rămas doar cu puterea sa maritimă masivă pentru a bloca porturile continentale și hărțuirea navelor. Întrucât nu exista nicio modalitate prin care Portugalia aliată să poată fi apărată, Anglia a fost de acord cu suspendarea alianțelor sale antice și a permis Portugaliei să negocieze neutralitatea. Cu toate acestea, Napoleon, fiind precaut de un călcâi Achille care ar putea contracara planul său de a domina Spania, a impus condiții imposibile care includea expulzarea tuturor britanicilor și confiscarea bunurilor lor, împărțirea Portugaliei în trei provincii subiect și o contribuție enormă de bani și militare ajutor pentru cauza republicană franceză. Războiul și invazia au urmat rapid, dar, influențate de răsunătoare victoriile navale britanice de la Capul St. Vincent (1797) și Trafalgar (1805) și datorită puterii ostilității publice atât în Spania, cât și în Portugalia, armata franceză cu toată prada ei a fost evacuată pe mare în 1808 și înlocuită cu un regim marionetă.
Intervenția britanică reușită în Războaiele Peninsulare și campaniile de independență a fost, fără îndoială, cea mai mare și ultima ocazie cu care alianțele anglo-portugheze au fost observate prin acțiuni militare. Cu toate acestea, economia a fost zdrențuită din cauza despoilării franceze și prințul-regent, care a rămas în Brazilia până în 1821, a decis să semneze un nou tratat comercial cu Marea Britanie, prin care exporturile ar primi „tratamentul națiunii cele mai favorizate”, iar importurile ar fi impozitate la 15% în loc de 24% percepute altor națiuni . Dar, în timp ce instanțele de justiție și administrația comercială erau centrate în Rio de Janeiro, Brazilia a continuat să facă comerț direct cu Marea Britanie și țările din nordul Europei, în loc să folosească Lisabona ca centru. Reducerea veniturilor și refuzul Franței de a plăti despăgubiri adecvate de război Portugaliei au provocat multe plângeri, iar depresia care a urmat i-au încurajat pe oameni să considere liberalismul ca o alternativă la absolutism.
Treptat, comerțul cu bunuri punctate în jurul Oceanului Indian a fost restabilit, dar în Africa centrală influența portugheză a început să scadă în fața revendicărilor teritoriale făcute de Marea Britanie, Germania, Belgia și Olanda, în timp ce Franța încă își îngrijea coloniile și a înființat Brazzaville în 1880. Doi ani mai târziu, regele Leopold al Belgiei și germanii au lansat Asociația Internațională Africană care avea ca scop mutarea fabricilor portugheze (26 din 49) de pe teritoriile Congo care, în februarie 1885, a devenit stat independent. Acest lucru a provocat consternarea la Lisabona, deoarece a amenințat visul portughez de a crea o colonie de coastă la coastă printr-un coridor pentru a lega Angola de Mozambic. Un apel către Marea Britanie pentru sprijin a întâmpinat un răspuns călduţ deoarece a avut şi aspiraţii expansioniste, inclusiv construirea unui coridor de la nord la sud, centrat pe lacul Nyasa.
Acest joc al puterilor europene pentru colonizarea Africii a continuat până la sfârșitul secolului alXIX-lea , cu argumente din ce în ce mai amare și amenințări de război. În 1899, de exemplu, lordul Salisbury al Marii Britanii a cerut Portugaliei să declare război boerilor (încălcând Tratatul portughezo-transvaal din 1875) pentru a sprijini Alianțele anglo-portugheze. Aceasta a fost ratificată printr-o declarație secretă semnată în octombrie 1899 care includea blocada lui Lourenço Marques pentru a preveni transportul de arme și provizii către germani și francezi.
Loialitatea și încrederea reciprocă au fost tensionate până la punctul de rupere de aceste certuri mai puțin demne privind exploatarea de către statele europene a continentului întunecat și trebuie spus că Marea Britanie nu a prezentat un far de virtute în acest climat competitiv. Portugalia, având puține resurse de forță de muncă și arme, a fost neputincioasă în a-și proteja interesele și a trebuit să accepte eclipsa averii sale.
În partea a 6-a vom finaliza acest studiu examinând Alianţa între 1900 şi 2021