Australiensiska Herbert fick jobbet gjort vid det andra extrahålet, han återhämtade sig från ett felaktigt utslag och slog ett hål från 12 meter för att fördriva minnet av de reseproblem som gjorde att han anlände sent till Japan.
Extra hål krävdes efter att båda spelarna hade avslutat turneringen på 15 under par efter en spännande sista runda i den historiska första tävlingen som arrangerades gemensamt av DP World Tour och Japan Golf Tour Organisation.
Segern tar Herbert till fjärde plats på Race to Dubai Rankings in Partnership with Rolex och ger honom sin första titel sedan Dubai Duty-Free Irish Open 2021.
Han sade: "Det är fantastiskt. Det är uppenbart att komma ombord som ambassadör för ISPS Handa i år, det är fantastiskt att vinna en tävling med dem som titelsponsor.
"Det är en stor ära. Och bara att vara tillbaka i Japan och vinna också. Jag har varit här så många gånger och älskat det så att komma tillbaka hit och vinna betyder mycket.
"Jag tycker att det är häftigt att kunna vinna överallt och ha många goda minnen från alla platser i världen där man har spelat."
När han talade om den upp- och nedgång som gav honom segern vid det andra playoff-hålet sa Herbert: "Ganska speciellt. Jag hade ganska mycket tur där borta till höger och fick ett bra läge efter att vi tappat det.
"Nick (caddie Nick Pugh) gav mig numret och det var i princip perfekt. Det var precis vad man skulle vilja ha från det läget.
"Så det var bra att slå ett bra slag där. Och sedan skakade min hand överallt bara för att få igång putten på linjen, och att den föll in var ganska häftigt." DP World Tour