"Dessa begränsningar orsakar onödiga förseningar på upp till 2,5 timmar för passagerarna - många av dem reser med små barn", säger ett uttalande från företaget.
"Bara under de senaste två veckorna (från den 26 maj till den 9 juni) har mer än 270 passagerare som reser från flygplatserna i Faro, Lissabon eller Porto missat sina flyg på grund av stora förseningar vid gränskontrollen som orsakats av personalbrist. Denna situation är helt oacceptabel och den nya regeringen måste vidta omedelbara åtgärder för att se till att gränskontrollen vid portugisiska flygplatser får tillräckliga resurser, särskilt under morgonrusningen, för att undvika onödiga förseningar och att fler passagerare orättvist missar sina flyg".
RyanairsChief Operating Officer, Neal McMahon, sade: "Det är oacceptabelt att passagerare - varav många reser med små barn - upplever förseningar på upp till 2,5 timmar vid gränskontrollen på flygplatserna i Faro, Lissabon och Porto på grund av personalbrist. Bara under de senaste två veckorna har mer än 270 passagerare missat sina flyg bara för att flygplatsoperatören ANA inte har sett till att det finns tillräckligt med personal för att sköta gränskontrollen på dessa flygplatser, som är några av de viktigaste i Portugal. Den här situationen är ohållbar och kommer bara att förvärras med ökad trafik när vi går in i sommarens högsäsong.
"Ryanair uppmanar den nya regeringen att snarast ingripa och åtgärda personalbristen vid gränskontrollerna på flygplatserna i Faro, Lissabon och Porto för att säkerställa att portugisiska familjer inte behöver utstå 2,5 timmars köer bara för att börja sin välförtjänta semester."