Ele foi martirizado no Japão em 5 de fevereiro de 1597, ao lado de vinte e cinco companheiros, por pregar o cristianismo desafiando as ordens de Taiko Toyotomi Hideyoshi.


Ele serviu inicialmente como missionário no México e depois nas Filipinas. Em 1593, ele foi enviado ao Japão como comissário de sua ordem. Lá, ele estabeleceu igrejas e hospitais e converteu muitos ao cristianismo.


No entanto, devido à crescente agitação religiosa e política — exacerbada pelo encalhe de um navio espanhol no Japão, o que gerou suspeitas de que os missionários estavam se preparando para a conquista — Hideyoshi ordenou sua prisão. Peter Baptist e seus companheiros, incluindo três jesuítas e quinze membros da Ordem Terceira, desfilaram publicamente, tiveram partes de suas orelhas mutiladas e foram levados para Nagasaki, onde foram crucificados.


Eles foram canonizados como santos em 1862 pelo Papa Pio IX e são conhecidos coletivamente como os Mártires do Japão.