Foi martirizado no Japão a 5 de fevereiro de 1597, juntamente com vinte e cinco companheiros, por pregar o cristianismo, desafiando as ordens do taiko Toyotomi Hideyoshi.

Foi inicialmente missionário no México e depois nas Filipinas. Em 1593, foi enviado para o Japão como comissário da sua ordem. Aí, fundou igrejas e hospitais e converteu muitas pessoas ao cristianismo.

No entanto, devido à crescente agitação religiosa e política - agravada pelo encalhe de um navio espanhol no Japão, que levou a suspeitas de que os missionários estavam a preparar a conquista - Hideyoshi ordenou a sua prisão. Pedro Batista e os seus companheiros, entre os quais três jesuítas e quinze membros da Ordem Terceira, foram publicamente desfilados, tiveram partes das orelhas mutiladas e foram levados para Nagasaki, onde foram crucificados.

Foram canonizados como santos em 1862 pelo Papa Pio IX e são conhecidos coletivamente como os Mártires do Japão