Он был замучен в Японии 5 февраля 1597 года вместе с двадцатью пятью сподвижниками за проповедь христианства вопреки приказам тайко Тоётоми Хидэёси.

Сначала он служил миссионером в Мексике, а затем на Филиппинах. В 1593 году он был отправлен в Японию в качестве комиссара своего ордена. Там он основал церкви и больницы и обратил многих в христианство.

Однако из-за растущих религиозных беспорядков и политических потрясений, усугубленных посадкой на мель испанского судна в Японии, что вызвало подозрения в том, что миссионеры готовятся к завоеванию, Хидэёси приказал арестовать их. Петр Баптист и его спутники, включая трех иезуитов и пятнадцать членов Третьего ордена, были выставлены на публичное шествие, им изуродовали части ушей и отвезли в Нагасаки, где их распяли.

Они были канонизированы как святые в 1862 году Папой Пием IX и известны как Японские мученики.