Juan Berchmans era el hijo mayor de un zapatero llamado Juan Carlos Berchmans y su esposa Isabel. Criado en una familia católica devota durante una época de conflicto religioso en los Países Bajos, mostró un temprano deseo de vida religiosa. A los trece años, se convirtió en sirviente en la casa del canónigo John Froymont en Malinas (Malinas), lo que le permitió continuar sus estudios a pesar de las dificultades económicas de su familia.

Inspirado por el ejemplo de San Luis Gonzaga y de los mártires jesuitas ingleses, decidió ingresar en la Compañía de Jesús (jesuitas) a pesar de la oposición de su familia. Ingresó en el noviciado jesuita el 24 de septiembre de 1616.

Tras hacer sus primeros votos en 1618, Berchmans fue enviado a Roma para estudiar filosofía en el Colegio Romano (hoy Pontificia Universidad Gregoriana). Era conocido por su diligencia, alegría, humildad y devoción a los deberes diarios, resumidos en su lema: "No tanto hacer grandes cosas como hacer bien lo que a uno le mandan".

Berchmans murió joven, a los veintidós años, el 13 de agosto de 1621, tras enfermar de fiebre y disentería en Roma.
Fue beatificado por Pío IX en 1865 y canonizado por León XIII el 15 de enero de 1888. Su corazón se conserva como reliquia en Lovaina (Bélgica).

San Juan Berchmans es honrado en todo el mundo, con escuelas e iglesias que llevan su nombre.