Kirkon rakensivat hospitaaliritarit, kun ritarikunta asettui Santarémiin Portugalin kuningaskunnan perustamisen jälkeen 1200-luvulla. Tosin muut ritarikunnat asettuivat kuningaskuntaan Reconquistan jälkeen.

Ritarikunta rakennutti kirkon sen jälkeen, kun kaupunki oli valloitettu maureille. Sen lisäksi, että kirkko on muuttunut kautta aikojen, tiedetään, että rakennuksessa oli esillä torni.

Kirkko on menettänyt merkityksensä vuosien varrella, ja sitä käytettiin jonkin aikaa varastona. Syvyyden ja salaperäisyyden tuntu ei kuitenkaan koskaan poistunut tästä kirkosta, joka on nyt käytettävissä vierailuja varten, jotta ihmiset tietäisivät hieman enemmän näistä järjestyksistä. Kirkossa on myös museo, jossa kävijät voivat tutustua sen historiaan tarkemmin.

Kirkko on omistettu Pyhälle Johannes Kastajalle, mikä osoittaa kastajien merkityksen tälle ritarikunnalle.