De kerk werd gebouwd door de Hospitaalridders toen de orde zich in Santarém vestigde na de stichting van het Koninkrijk Portugal, in de 12e eeuw. Hoewel andere orden zich na de Reconquista in het koninkrijk vestigden.

De Hospitaalridders bouwden de kerk nadat de stad was veroverd op de Moren. Behalve dat de kerk door de tijd heen is veranderd, is het bekend dat er een toren in het gebouw stond.

De kerk heeft door de jaren heen aan belang ingeboet en werd een tijdlang gebruikt als opslagplaats. Desondanks heeft het gevoel van diepte en mysterie deze kerk nooit verlaten. De kerk is nu te bezoeken om mensen wat meer te laten weten over deze ordes. De kerk heeft ook een museum, waar bezoekers meer te weten kunnen komen over de geschiedenis.

De kerk is gewijd aan Sint-Jan de Doper, wat het belang van de doopsgezinden voor deze orde laat zien.