הכנסייה נבנתה על ידי האבירים ההוספיטלרים כאשר המסדר התיישב בסנטארם לאחר הקמת ממלכת פורטוגל, במאה ה -12. אם כי פקודות אחרות התיישבו בממלכה לאחר הרקונקיסטה.

האביר הוספיטלר בנה את הכנסייה לאחר שנכבשה העיר למורים. מלבד שהכנסייה השתנתה עם הזמן, ידוע כי היה מגדל מוצג בבניין.

הכנסייה איבדה את חשיבותה לאורך השנים, והיא שימשה כמחסן לתקופה מסוימת. אף על פי כן, תחושת העומק והמסתורין מעולם לא עזבה את הכנסייה הזו, הזמינה כעת לביקורים, כדי ליידע אנשים קצת יותר על פקודות אלה. בכנסייה יש גם מוזיאון, שבו המבקרים יכולים ללמוד על ההיסטוריה שלה ביתר פירוט.

הכנסייה מוקדשת ליוחנן המטביל הקדוש, ומציגה את חשיבותם של הבפטיסטים למסדר זה.