Kyrkan uppfördes av Hospitallerriddarna när orden bosatte sig i Santarém efter grundandet av kungariket Portugal på 1100-talet. Även om andra ordnar bosatte sig i kungariket efter Reconquista.

Hospitalsriddarna byggde kyrkan efter att staden erövrats av morerna. Förutom att kyrkan har förändrats genom tiderna vet man att det fanns ett torn i byggnaden.

Kyrkan har förlorat sin betydelse under årens lopp och användes som lagerlokal under en viss period. Ändå har känslan av djup och mystik aldrig lämnat denna kyrka, som nu är tillgänglig för besök, för att låta människor få veta lite mer om dessa ordnar. Kyrkan har också ett museum, där besökarna kan lära sig mer om dess historia.

Kyrkan är tillägnad Johannes Döparen, vilket visar hur viktiga baptisterna var för denna orden.