A igreja foi construída pelos Cavaleiros Hospitalários quando a ordem se instalou em Santarém após a fundação do Reino de Portugal, no século XII. Embora outras ordens se tenham instalado no Reino após a Reconquista.

Os Cavaleiros Hospitalários construíram a igreja após a conquista da cidade aos mouros. Para além de a igreja ter sofrido alterações ao longo do tempo, sabe-se que existia uma torre em destaque no edifício.


A igreja foi perdendo a sua importância ao longo dos anos, tendo sido utilizada como armazém durante um certo período. No entanto, o sentido de profundidade e mistério nunca abandonou esta igreja, que agora está disponível para visitas, para dar a conhecer um pouco mais sobre estas ordens. A igreja possui também um museu, onde os visitantes podem conhecer a sua história com mais pormenor.

A igreja é dedicada a São João Batista, mostrando a importância dos Baptistas para esta ordem.