A igreja foi construída pelos Cavaleiros Hospitalários quando a ordem se estabeleceu em Santarém após a fundação do Reino de Portugal, no século XII. Embora outras ordens tenham se estabelecido no Reino após a Reconquista.

O Cavaleiro Hospitalário construiu a igreja depois que a cidade foi conquistada pelos mouros. Além de a igreja ter mudado ao longo do tempo, sabe-se que havia uma torre em destaque no edifício.

A igreja perdeu sua importância ao longo dos anos, sendo usada como armazém por um determinado período. No entanto, a sensação de profundidade e mistério nunca deixou esta igreja, que agora está disponível para visitas, para que as pessoas saibam um pouco mais sobre essas ordens. A igreja também tem um museu, onde os visitantes podem aprender sobre sua história com mais detalhes.

A igreja é dedicada a São João Batista, mostrando a importância dos batistas nessa ordem.