Av de hundratals mutationer av SARS-CoV-2 som upptäcktes under pandemin är hälsovårdsmyndigheterna i Portugal uppmärksamma på fyra varianter som ger anledning till oro - Alpha, Beta, Gamma och Delta - och som förekommer i Portugal med överföring i samhället.

Alpha, som förknippas med Storbritannien, var den första av dessa varianter som hade en hög prevalens i Portugal, och det uppskattas att den i maj var ansvarig för nästan 90 procent av fallen av infektion med det nya coronaviruset i landet.

På senare tid har uppmärksamheten riktats mot Delta-varianten, som först upptäcktes i Indien, som anses vara mer smittsam och som enligt de nationella hälsomyndigheterna skulle kunna överträffa Alpha och bli den mest utbredda i Portugal inom några veckor.

Enligt Europeiska centrumet för förebyggande och kontroll av sjukdomar (ECDC) kommer Deltavarianten av SARS-CoV-2 att stå för 90 procent av de nya infektionerna i Europa i slutet av augusti och för en ökning av antalet sjukhusinläggningar och dödsfall.

Varianter som Världshälsoorganisationen anser vara oroväckande

Världshälsoorganisationen (WHO) har för närvarande klassificerat fyra "oroväckande varianter" (VOC), efter att i slutet av maj ha tilldelat dem beteckningar med bokstäver i det grekiska alfabetet för att underlätta förståelsen.

I VOC-kategorin finns därför Alpha, som först upptäcktes i Storbritannien i december 2020, Beta, som förknippas med Sydafrika sedan december 2020, Gamma, som identifierades i Brasilien i januari 2021, och Delta, som härstammar från Indien och klassificerades som oroväckande i maj i år.

En variant anses vara oroväckande när ett eller flera av följande förhållanden föreligger: ökad överförbarhet av viruset, ökad virulens eller klinisk förändring av sjukdomen och minskad effektivitet av sociala och folkhälsovårdande åtgärder, diagnoser, vacciner och tillgängliga behandlingar .

Förutom VOC har WHO klassificerat sju andra förändringar av SARS-CoV2-viruset som "varianter av intresse" (VOI), varav den sista är Lambda, som förknippas med Peru.

De övriga sex VOI är Epsilon (USA, upptäcktes först i mars 2020), Zeta (Brasilien, april 2020), Eta (flera länder sedan december 2020), Theta (Filippinerna, januari 2021), Iota (USA, november 2020) och Kappa (Indien, oktober 2020).

En variant anses vara av intresse när den har identifierats som en orsak till överföring i samhället och upptäckts i flera länder.

Varianter med överföring i samhället i Portugal

De fyra varianter som av WHO klassificeras som oroväckande - Alpha, Beta, Gamma och Delta - förekommer i Portugal och har samhällsöverföring, det vill säga när fall inträffar där det inte är möjligt att spåra smittans ursprung.

Enligt preliminära uppgifter från juni från det nationella hälsoinstitutet Doctor Ricardo Jorge (INSA) är förekomsten av Delta-varianten (B.1.617.2, associerad med Indien) över 60 procent i Lissabon- och Vale do Tejo-regionen, men fortfarande mindre än 15 procent i norr.

INSA uppskattar att Delta-varianten har en överföringsgrad som är cirka 60 procent högre än Alpha-varianten, som är associerad med Storbritannien och som var dominerande i Portugal under maj månad.

Institutet förutspår dock att Delta, som har flera mutationer i "spik"-proteinet som gör den mer kapabel att överföra och undkomma immunförsvaret, kan komma att gå om Alpha under de kommande veckorna.

När det gäller Beta, som förknippas med Sydafrika, och Gamma, som identifierats i Manaus i Brasilien, hade fram till den 16 juni 133 respektive 146 fall identifierats, och dessa två varianter har också en allmän spridning i landet.

Varianternas inverkan på vaccinets effektivitet

Delta-varianten av det nya coronaviruset SARS-CoV-2 cirkulerar redan i 92 länder, enligt WHO:s uppgifter, vilket garanterar att vaccinerna förblir effektiva mot denna stam och förhindrar allvarliga sjukdomsfall och dödsfall.

Enligt Maria Van Kerkhove, teknisk ledare för svar på covid-19 vid WHO, på måndagen, sprider sig Deltavarianten "snabbt" och "har större överförbarhet än Alphavarianten", som ursprungligen diagnostiserades i Storbritannien .

Maria Van Kerkhove sade att vaccinerna "fungerar mot Delta-varianten" eftersom de, precis som för andra virusstammar, förhindrar allvarlig covid-19 och död om vaccinationscykeln är fullständig.

Virologen Pedro Simas anser också att det hittills inte har funnits någon variant av coronaviruset SARS-CoV-2 som "bryter den skyddande effekten" av vaccinerna mot covid-19, och betonar att de alla är effektiva när det gäller att förhindra allvarlig sjukdom och död .

"Det betyder inte att mycket sällsynta fall inte förekommer, men vi kan inte fokusera på det sällsynta och nu måste vi titta på det gemensamma bästa", sade experten till Lusa.

Nyligen beslutade generaldirektoratet för hälsa (DGS) att förkorta intervallet för att ta den andra dosen av Astrazeneca-vaccinet från 12 till åtta veckor för att säkerställa ett "snabbare skydd" mot överföring av nya "oroande varianter" av sars-viruset. CoV-2.

Enligt DGS är vaccinationsschemat för VAXZEVRIA-vaccinet (tidigare kallat Astrazeneca) två doser med ett intervall på åtta till tolv veckor, "intervallet på åtta veckor rekommenderas för närvarande för att säkerställa det snabbaste skyddet" som vaccineringen ger kompletterar "vid överföring av nya varianter av SARS-CoV-2 som ger upphov till oro (VoC)", såsom Delta-varianten.

Dagen innan sade EU:s hälsokommissionär Stella Kyriakides att det finns bevis för att Deltavarianten av SARS-CoV-2 coronaviruset "minskar styrkan hos den skyddande sköld" som skapas av vacciner, och uppmanade till påskyndad fullständig vaccinering av befolkningen.

"Det har framkommit bevis för att varianterna - nämligen Delta-varianten - minskar styrkan hos den skyddssköld som vaccinerna ger, särskilt när vaccinationen ännu inte är fullständig. Det är därför avgörande att så många medborgare som möjligt vaccineras mot covid -19, och att det sker en fullständig vaccinering så snart som möjligt", sade Stella Kyriakides.

Hur varianter av det ursprungliga viruset uppstår

Alla virus, inklusive SARS-CoV-2 som orsakar covid-19, tenderar att förändras med tiden och med cirkulationen, även om de flesta förändringar har liten eller ingen inverkan på deras egenskaper.

När ett virus gör kopior av sig självt betraktas dessa förändringar som mutationer. Ett virus med en eller flera nya mutationer anses vara en variant av originalet.

Vissa mutationer kan leda till förändringar i ett virus egenskaper, t.ex. dess större eller mindre överföringskapacitet och nivån eller svårighetsgraden av en sjukdom som det kan orsaka.

Enligt WHO tenderar SARS-CoV-2, som orsakar covid-19, att förändras långsammare än andra kända virus, t.ex. influensa som orsakar influensa.

Hittills har hundratals varianter av SARS-CoV-2 identifierats i olika delar av världen, och de allra flesta har liten inverkan på egenskaperna hos det ursprungliga coronaviruset.

Världsomfattande insatser för att förstå varianter av SARS-CoV-2

Sedan pandemins början har WHO samarbetat med ett globalt nätverk av specialiserade forsknings- och testlaboratorier för att bättre förstå beteendet hos SARS-CoV-2.

Dessa forskargrupper sekvenserar SARS-CoV-2 och delar resultaten i offentliga databaser, däribland GISAID, en forskningsorganisation som erkänns av Europeiska kommissionen och partner i PREDEMICS, ett projekt om förutsägelse och förebyggande av zoonotiska virus (med överföring från djur till människor) med pandemisk potential.

Detta globala samarbete gör det möjligt för forskare från hela världen att spåra viruset och dess mutationer på ett effektivare och snabbare sätt.

WHO:s globala laboratorienätverk omfattar också en arbetsgrupp för utveckling av SARS-CoV-2 som särskilt ägnar sig åt att upptäcka nya mutationer och bedöma deras förutsägbara effekter.

Hur sker övervakningen i Portugal?

INSA samordnar övervakningen av spridningen av det nya coronaviruset i Portugal, genom att analysera genomet av detta pandemiska virus.

Denna studie omfattar samarbete med Gulbenkian Science Institute (IGC), institutet för biomedicin (iBiMED, universitetet i Aveiro), BioSystems & Integrative Sciences Institute (BioISI, universitetet i Lissabon), institutet för forskning och innovation inom hälsa (i3S) och forskningscentret för biologisk mångfald och genetiska resurser (CIBIO, universitetet i Porto) för behandling av proverna och med ett nätverk av mer än 60 sjukhus och laboratorier över hela landet för att skicka positiva prover till INSA.

Undersökningen av den genetiska mångfalden hos det nya coronaviruset SARS-CoV-2 (COVID-19) i Portugal syftar till att fastställa mutationsprofilerna hos SARS-CoV-2 för att identifiera och övervaka överföringskedjorna för det nya coronaviruset och för att identifiera nya introduktioner av viruset i Portugal.