På Lissabons stadslinjer ställdes 71 av de 109 planerade tågen in och på långdistanslinjerna var 13 planerade och 12 inställda.
I Portos stadsområden var 52 förbindelser planerade och 30 inställda.
När det gäller regionala tåg, av de 68 planerade, 56 ställdes in, enligt transportören.
Kontaktad av Lusa i morse, en källa från SFRCI - Sindicato Ferroviário da Revisão Comercial Itinerante, som kallade den partiella strejken, sade att anslutningen till strejken av CP biljettkontrollanter och arbetstagare, som började kl 05:00 idag och slutar kl 08:30, är 100%, med 25% minimitjänster som uppfylls.
"Den partiella strejken började kl. 5:00 och slutar kl. 8:30, men effekterna bör kännas under morgonen. Strejkdeltagandet är 100%, med endast 25% av de minimitjänster som beslutats av skiljedomstolen som uppfylls", sade Luís Bravo, från SFRCI, till Lusa.
Fackföreningsledaren sade att strejken syftar till att kräva bättre lönevillkor för alla företagets anställda.
"Den partiella strejken kommer att fortsätta fram till tisdag och kommer fortfarande att ha återverkningar på onsdag den 14", sade han.
Enligt Luís Bravo visar strejken "tydligt missnöjet bland arbetarna", som har kämpat mot låga löner sedan 2010.
"Under 2025 kommer regeringen att fortsätta sin låglönepolitik, efter att ha genomfört en löneökning på 34 euro i grundlönen, ett belopp som återigen ligger under löneökningen i minimilönen, vilket anses vara mycket otillräckligt av arbetstagarna", enligt facket.
Från onsdag till fredag strejkade flera fackförbund och fram till fredag fanns det inga minimitjänster, vilket resulterade i ett totalstopp i trafiken.
Arbetstagarna kräver att det avtal som slöts den 24 april mellan CP:s ledning och fackföreningarna efterlevs, och anser att "regeringen inte kan vilja ha fördelarna med förhandlingarna och sedan smita från sitt ansvar att genomföra dem".
Strejken, som inleddes i onsdags och kommer att pågå till den 14 maj, utlystes mot införandet av lönejusteringar "som inte återställer köpkraften", för "kollektiva förhandlingar om anständiga lönejusteringar" och för "genomförande av avtalet om att omstrukturera löneskalorna, enligt de villkor som det förhandlades och avtalades", säger fackföreningarna.